Thành Thang làm vua không lâu, đến năm 1761 TCN thì qua đời. Vì Thái tử Thái Đinh mất sớm trước Thành Thang nên con thứ của Thang là Ngoại Bính được Y Doãn lập làm vua. Nhưng đến năm 1758 TCN, Ngoại Bính cũng qua đời, Y Doãn lại lập em Ngoại Bính là Trọng Nhâm lên ngôi. Chỉ được 4 năm (1754 TCN), Trọng Nhâm lại mất, khi đó con thái tử Thái Đinh là Thái Giáp đã lớn nên Y Doãn lập Thái Giáp lên ngôi.

Y Doãn là nguyên lão 4 triều vua, làm phụ chính, dạy dỗ vị vua trẻ rất cẩn thận. Ông nói với Thái Giáp:"Bậc đế vương phải yêu dân, càng phải chăm chỉ học tập tinh thần trị nước của tổ phụ Thang".

Ông còn lấy bài học của Hạ Kiệt mất nước để khuyên răn Thái Giáp. Tuy nhiên, Thái Giáp từ nhỏ sống trong cảnh quyền quý, chỉ hưởng lạc mà không làm việc. Thái Giáp không nghe những lời dạy của Y Doãn, vẫn chơi bời phóng túng. Thấy Thái Giáp như vậy, Y Doãn quyết định dùng biện pháp mạnh: ông đày vua đến Đổng Cung[7] gần lăng miếu của Thành Thang và tự mình nắm quyền chính. Ông còn sai người đến giám sát Thái Giáp để vua suy nghĩ và tỉnh ngộ.

Sau 3 năm, Thái Giáp hiểu ra sai lầm của mình, quyết tâm sửa chữa khuyết điểm. Khi thấy Thái Giáp biết tu tỉnh, Y Doãn đích thân đến đón rước vua về kinh đô và trao lại quyền hành cho Thái Giáp. Thái Giáp trở thành một vị vua giỏi của nhà Thương. Tương truyền Y Doãn sống hơn 100 tuổi mới mất[8]. Công lao khai quốc và dìu dắt vua nhỏ, giúp cho một triều đình mới thành lập được ổn định, tạo cơ sở tồn tại lâu dài của ông được đời sau nhắc đến rất nhiều. Y Doãn cùng Chu Công Đán nhà Chu trở thành những tấm gương mẫu mực về trung thần phò ấu chúa trong lịch sử Trung Quốc.

Tuy nhiên, căn cứ vào Trúc thư kỉ niên, một số nhà nghiên cứu Trung Quốc đưa ra ý kiến khác cho rằng: không phải Y Doãn trả lại ngôi cho Thái Giáp mà ông đã đày Thái Giáp ra Đổng Cung rồi cướp lấy ngôi nhà Thương. Sau 7 năm, Thái Giáp trốn khỏi Đổng Cung, giết chết Y Doãn giành lại ngôi, phục hồi nhà Thương; hai người con của Y Doãn là Y Trắc và Y Phấn vẫn được lập tế tự cho ông và Thái Giáp chia đôi tài sản của ông cho hai người con[9][10]. Vì những tình tiết bổ sung từ Trúc thư kỉ niên, có quan điểm đánh giá Y Doãn là một nhân vật khá phức tạp trong lịch sử Trung Quốc cổ đại[3].